Если книга ваша личная и она не антикварная, размечайте без колебаний. Не верьте тем, кто требует уважительного отношения к книге. Уважительное отношение к книге выражается в черкании на ней. Если вы потом захотите перепродать ее букинисту, все равно он даст такую жалкую цену, что нет смысла утаивать следы вашего с ней обращения.