Борис Стругацкий родился 15 апреля 1933 года в Ленинграде, где его отец Н. З. Стругацкий был только что назначен научным сотрудником Государственного Русского музея. Во время Великой Отечественной войны семья Стругацких оказалась в осаждённом Ленинграде. В 1950 году окончил школу с серебряной медалью и собирался поступать на физический факультет ЛГУ, однако из-за национальности принят не был, тогда документы отдал на математико-механический факультет Ленинградского государственного университета по специальности «звёздный астроном», который закончил в 1955 году. После окончания Университета поступил в аспирантуру Пулковской обсерватории, однако защититься не получилось — тема диссертации была раскрыта ещё в 1942 году за рубежом, затем Борис Стругацкий работал на счётной станции Пулковской обсерватории инженером-эксплуатационником по счётно-аналитическим машинам. В 1960 г. принял участие в геодезической и астроклиматической экспедиции на Кавказе в рамках программы поиска места для установки Большого телескопа АН СССР.
С 1966 года — профессиональный писатель, член Союза Писателей СССР.
С 1972 года — руководитель Ленинградского семинара молодых писателей-фантастов (впоследствии стал известен как «семинар Бориса Стругацкого»).
Учредитель премии «Бронзовая улитка».
С 2002 года главный редактор журнала «Полдень XXI век».
В 2006 году участвовал в создании книги «Автограф века». Собственноручно поставил свой автограф в каждом экземпляре этой книги, вышедшей тиражом 250 экземпляров.
Женат, двое детей: Андрей и Виктор.
19 ноября 2012 года в возрасте 79 лет скончался после тяжелой и продолжительной болезни (лимфосаркома).

Основная часть литературного наследия Бориса Стругацкого была создана им в соавторстве со своим братом Аркадием.
см. Аркадий и Борис Стругацкие
После смерти Аркадия Стругацкого Борис Стругацкий, по его собственному определению, продолжил «пилить толстое бревно литературы двуручной пилой, но без напарника». Под псевдонимом С. Витицкий вышли его романы «Поиск предназначения, или Двадцать седьмая теорема этики» (1994—1995) и «Бессильные мира сего» (2003) , продолжившие исследование неумолимого рока и возможностей влиять на окружающую действительность.
Борис Стругацкий для полного собрания сочинений Стругацких подготовил «Комментарии к пройденному» (2000—2001; вышли отдельным изданием в 2003), в которых подробно описал историю создания произведений Стругацких. На официальном интернет-сайте Стругацких с июня 1998 года идет интервью, в котором Борис Стругацкий ответил уже на несколько тысяч вопросов.