«Против Апиона» написано Иосифом после двух других самых значительных своих сочинений. Это позволило ему там, где необходимо, опираться на авторитет собственных трудов (в доказательстве достоверности изображения событий и правомерности исторического метода) и ссылаться на более подробные изложения требующих исследования вопросов. Однако сочинение полностью независимо и целостно, поскольку у автора была особая цель. «Иудейские древности» имели преимущественно положительное содержание и, по всей видимости, были слишком подробны и объемны для сколько-нибудь широкого круга читателей. В сочинении «Против Апиона» Иосиф решил говорить кратко, прибегнув к более действенному жанру апологии и еще точнее угадывая эллинский здравый смысл. Преимущественная древность происхождения была едва ли не единственным основанием, на котором возможно было сформировать у читателей непредвзятое отношение к соотечественникам автора. Все остальные достоинства еврейского народа гораздо скорее можно было признать при соблюдении этого условия.
«Против Апиона» — древнейшая сохранившаяся апология евреев. Сам жанр по необходимости отчетливо обнаруживает позицию автора, который открыто выступил на стороне своего народа и не сделал никаких уступок ни грекам, ни римлянам (если не считать в некоторых случаях уважительный тон по отношению к последним), ни тем более египтянам. Главная мысль проведена неуклонно и даже резко — еврейский народ изначально самобытен, его закон по всем основополагающим статьям превосходит все остальные законодательства, его понятие Единого Бога единственно верно. Это определило стройность и прямолинейность плана.