Главный исторический труд Арсения - его мемуары о пребывании в России - дошел до нас не в авторском варианте, а в обработке его соотечественников - архимандрита Христофора и архидьякона Неофита, прибывших в Москву в 1619г. вместе с иерусалимским патриархом для поставления в московские патриархи Филарета Никитича Романова, вернувшегося из польского плена. Греческие монахи точно скопировали авторский текст, тщательно описывающий события с момента приезда архиепископа Арсения Елассонского в Москву в 1588 г. до разорения Москвы в 1611 г. (этот фрагмент предварен небольшой справкой по истории России, более подробно излагающей ход событий с начала царствования Федора Ивановича). Дальнейшие же события до вступления на престол Михаила Федоровича Романова в 1613 г. и смерти атамана Заруцкого в 1614 г. изложены ими схематически. Вероятно, записки Арсения после 1611 г. были не вполне им обработаны. Рукопись, содержащая данные тексты, была обнаружена в греческом трапезундском Сумелийском монастыре (в Малой Азии) только в конце XIX в. Кроме собственно мемуаров она содержит составленое, очевидно, теми же редакторами житие Арсения Елассонского (как местночтимый святой Арсений почитался и в Суздале) и стихотворный панегирик, где он сравнивается с Гомером.