Борис Стругацкий родился 15 апреля 1933 года в Ленинграде, где его отец Н. З. Стругацкий был только что назначен научным сотрудником Государственного Русского музея. Во время Великой Отечественной войны семья Стругацких оказалась в осаждённом Ленинграде. В 1950 году окончил школу с серебряной медалью и собирался поступать на физический факультет ЛГУ, однако из-за национальности принят не был, тогда документы отдал на математико-механический факультет Ленинградского государственного университета по специальности «звёздный астроном», который закончил в 1955 году. После окончания Университета поступил в аспирантуру Пулковской обсерватории, однако защититься не получилось — тема диссертации была раскрыта ещё в 1942 году за рубежом, затем Борис Стругацкий работал на счётной станции Пулковской обсерватории инженером-эксплуатационником по счётно-аналитическим машинам. В 1960 г. принял участие в геодезической и астроклиматической экспедиции на Кавказе в рамках программы поиска места для установки Большого телескопа АН СССР.
С 1966 года — профессиональный писатель, член Союза Писателей СССР.
С 1972 года — руководитель Ленинградского семинара молодых писателей-фантастов (впоследствии стал известен как «семинар Бориса Стругацкого»).
Учредитель премии «Бронзовая улитка».
С 2002 года главный редактор журнала «Полдень XXI век».
В 2006 году участвовал в создании книги «Автограф века». Собственноручно поставил свой автограф в каждом экземпляре этой книги, вышедшей тиражом 250 экземпляров.
Женат, двое детей: Андрей и Виктор.
19 ноября 2012 года в возрасте 79 лет скончался после тяжелой и продолжительной болезни (лимфосаркома).