Российский писатель-фантаст. 
Закончив 8 классов пошёл работать молотобойцем в кузницу промкомбината, продолжая учиться в вечерней школе. В 1968 году поступил в Томский геолого-разведочный техникум. Ночами подрабатывал на конфетной фабрике. В 1970 году ушёл в армию добровольцем, служил в батальоне особого назначения в городе Москве, охранял объекты третьего спецотдела Министерства Финансов СССР. Демобилизовался в 1972 году в звании старшего сержанта и продолжил обучение в техникуме, периодически выезжая на практику в полевые поисковые отряды. После окончания учёбы в 1974 году уехал работать геологом в полярную экспедицию на Таймыр. Через год вернулся в город Томск и поступил на службу в милицию, стал работать инспектором уголовного розыска, получил звание лейтенанта. Одновременно поступил учиться заочно на юридический факультет Томского Государственного Университета.

Впервые написал рассказ в 1976 году, но сам того испугался и сжёг его, дабы удержаться от соблазна. Тем не менее, год спустя вновь потянуло к литературе и уже очень серьёзно. В результате в 1977 году уволился из милиции, бросил университет и с головой погрузился в мир творчества, начал писать рассказы и повести. С 1978 и последующие несколько лет работал в Томской комплексной геолого-разведочной экспедиции, в Томской областной газете «Красное Знамя» корреспондентом отдела нефтегеологии и строительства и даже техником в НИИ Высоких Напряжений. В то время его опять потянуло в странствия: по старообрядческим скитам, по Северному и Приполярному Уралу и другим загадочным местам. 
Творчество Алексеева развивается в русле реалистических традиций и вместе с тем сочетает в себе притчевость, символику и причудливость композиции. В первых романах следовал в основном традициям так называемой «деревенской прозы», за что А. Архангельский причислил его к эпигонам Вас. Белова. В. Курицын же, анализируя первые романы Алексеева, назвал их автора «самородком, обладающим мощной энергией развития, как в интеллектуальном, так и эстетическом плане».
В 1985 году за роман «Слово» получил премию Ленинского Комсомола и премию журнала «Наш современник», а в 1987-м премию ВЦСПС и Союза Писателей СССР за роман «Рой». Позже, в 1995 году уже в постсоветское время удостоен премии имени М.А.Шолохова за роман «Возвращение Каина», весной 2009 г. стал лауреатом премии Кузбасса за роман-эссе «Россия: Мы и мир». По книгам Сергея Алексеева сняты художественные фильмы, пьесы поставлены на сцене Вологодского драмтеатра.

С 1985 года Сергей Трофимович Алексеев жил и работал в Вологде. Некоторое время назад Алексеев перебрался в Москву, так как потребовалось частое присутствие автора в издательстве. Но в Москве он проводит только холодные зимние месяцы, остальное же время живёт и работает на даче в деревне или в Вологде.